Po zakończeniu II wojny światowej, zaraz po wyzwoleniu Warszawy rozpoczęła się odbudowa kompletnie zniszczonej stolicy. Powstałe w 1945 r. Biuro Odbudowy Stolicy opracowało wytyczne i program odbudowy i rozbudowy miasta. Już wówczas w ramach odbudowy i rozwoju systemu komunikacji publicznej przewidywano budowę metra w Warszawie.

14 grudnia 1950 roku Uchwałą Rządu powołano do życia Metroprojekt. Wiązało się to z podjętą również w 1950 r. decyzją o budowie metra w Warszawie. Metroprojekt został powołany dla obsługi projektowej budowy metra w Warszawie. Od tego momentu liczy się historia Biura Projektów Metroprojekt.

Początkowo biuro skupiło się na projektowaniu metra. Po trzech latach gdy budowa została przerwana przeorganizowaliśmy się do projektowania budownictwa komunalnego i specjalnego. Stąd w naszym dorobku jest zrealizowany projekt tunelu ciepłowniczego pod Wisłą, wiele kolektorów kanalizacyjnych, tras komunikacyjnych oraz Centrum Zdrowia Dziecka.

Kadrę dla projektowania metra udało się w Metroprojekcie utrzymać. I gdy w 1971 r. odżyła w Warszawie sprawa metra, byliśmy w stanie szybko opracować różne koncepcje przebiegu I linii metra, a następnie szczegółowe Założenia Techniczno-Ekonomiczne. Założenia Techniczno-Ekonomiczne były podstawą do podjęcia decyzji w 1982 r. o budowie I linii metra w Warszawie.

Prawie cała I linia metra tzn. 16 z 21 stacji i 19 tuneli z 21 zrealizowana jest według projektów Biura Projektów Metroprojekt, a tylko 5 stacji i 2 tunele, wykonały inne zespoły projektowe.

W dniu 01.07.1991 r. Metroprojekt - biuro państwowe przekształciło się w Biuro Projektów "Metroprojekt" sp. z o.o. W dniu 01.09.2023 r. nastąpiła zmiana nazwy spółki na Metroprojekt Sp. z o. o. Jako Spółka kontynuujemy działalność przedsiębiorstwa państwowego.